патогенез, диагностика врожденной патологии глаз и способы хирургического лечения с периода новорожденности;
патогенетические механизмы витреоретинальной пролиферации при заболеваниях и травмах глаз, глазных осложнениях сахарного диабета, принципы хирургической реабилитации;
диагностика, профилактика и лечение вирусных, бактериальных и аллергических заболеваний глаз;
патогенетические аспекты микроэндоскопических вмешательств при тяжелой внутриглазной патологии;разработка изделий медицинского назначения (вискоэластичный материал, интраокулярные и контактные линзы, трансплантаты).

За годы существования, в институте подготовлено 12 докторских и 75 кандидатских диссертаций, издано 44 сборника научных трудов, 15 монографий, 156 методических пособий и рекомендаций, получено 129 авторских свидетельств и патентов Российской Федерации. В настоящее время в институте работает 452 сотрудника, из них 1 заслуженный деятель науки Российской федерации и Республики Башкортостан, 8 докторов медицинских наук, 34 кандидата медицинских наук, 3 заслуженных врача Российской Федерации, 11 заслуженных врачей Республики Башкортостан, 53 врача первой и высшей квалификационной категории.

В составе института – клиника на 310 коек (4 научных и 5 клинических отделений), межобластной центр лазерных методов лечения, отделение функциональной диагностики, лаборатории по производству контактных линз, искусственных хрусталиков и трансплантатов, 10 специализированных кабинетов, фармакологический отдел, салон оптики, кабинеты контактной коррекции зрения, центр эксимерлазерной коррекции зрения, республиканский лечебно-диагностический центр «Диабет глаза». Работает Совет по защите диссертаций на степень кандидата медицинских наук и редакция Российского научно-практического журнала «Проблемы офтальмологии».

Слаженный трудоспособный коллектив Уфимского НИИ глазных болезней способен решать все задачи, поставленные перед наукой и практическим здравоохранением, и уверенно идет в будущее ради основной цели – вернуть пациентам утраченное зрение, радость плодотворного труда и счастливой жизни.